Lo primero que hay que hacer es entrenarlo con sa-learn(no seréis de los que borran el spam, ¿verdad?). Para eso hay que darle el jamón y la mortadela diciéndoles lo que es, p.ej.:
$ sa-learn --ham --mbox Mail/inbox
$ sa-learn --spam --mbox Mail/spam
Si tienes más de doscientos mensajes de ambas cosas, ya está. Sólo falta añadir al .spamassassin/.user_prefs:
use_bayes 1
bayes_auto_learn 1
Si no tienes tanto spam o correo normal, tendrás que bajar los umbrales a partir de los cuales se empieza a usar este filtrado. Yo lo he probado con unos 130 mensajes de spam y de momento es bastante preciso
bayes_min_ham_num 100
bayes_min_spam_num 100