la misma problematica de los punteros salvajes que tienes en C, que lo hacen inseguro e inadecuado para aprender, la tienes en Java, pero sin que nadie te avise...

En el ejemplo, pasa. No se si me he expresado bien, pero en el ejemplo, pasa.

  // creo un botón de Swing
  JButton boton = new JButton("perico");
  // lo meto en un vector o conjunto de objetos
  Vector vector = new Vector();
  vector.add(boton);
  // ahora cambio el texto del botón
  boton.setText("juanico");
  // adivina el texto del botón en el vector?
  JButton enVector = (JButton)vector.get(0);
  System.out.println(enVector.getText());
> "juanico"
  // pues claro! porque es el mismo botón  

Si pasas un int a una funcion y cambias el valor dentro, al salir vuelves a tener el valor original porque se pasa por valor. Si ese entero esta dentro de otro objeto, el valor ha cambiado porque se ha pasado por valor la referencia del objeto, no el objeto en si.